在中华人民共和国领域和中华人民共和国管辖的其他海域，直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者为环境保护税的纳税人，应当缴纳环境保护税。医疗废物属于危险废物，不属于生活垃圾，不能享受生活垃圾集中处理场所的优惠政策。但危险废物作为固体废物的税目，如果医院在符合国家和地方环境保护标准的设施、场所贮存或者处置的，不属于直接向环境排放污染物，不缴纳相应污染物的环境保护税。环境保护税税目税额表规定，危险废物缴税标准是每吨1000元。
另外，如医院直接向环境排放污水，应税水污染物的污染当量数，以该污染物的排放量除以该污染物的污染当量值计算。每种应税水污染物的具体污染当量值，依照《应税污染物和当量值表》执行。应税水污染物的应纳税额为污染当量数乘以具体适用税额。《环境保护税税目税额表》的规定，水污染物每污染当量1.4元至14元。《应税污染物和当量值表》的第四项《禽畜养殖业、小型企业和第三产业水污染物污染当量值》规定，（本表仅适用于计算无法进行实际监测或者物料衡算的禽畜养殖业、小型企业和第三产业等小型排污者的水污染物污染当量值）
类型 污染当量值 备注
6.医院 消毒 0.14床 医院病床数大于20张的按照本表计算污染当量值。
消毒 2.8吨污水　　　医院病床数大于20张的按照本表计算污染当量值。
不消毒 0.07床 医院病床数大于20张的按照本表计算污染当量值。
不消毒 1.4吨污水 医院病床数大于20张的按照本表计算污染当量值。